The Batman plonge dans les premières années de Bruce Wayne en tant que justicier à Gotham City. Après deux années passées à traquer les criminels et à s’imposer comme une figure de vengeance solitaire, il fait face à une ville corrompue, où même ses rares alliés sont difficiles à trouver. Gotham, dominée par l’élite corrompue et la pègre, a besoin d’un héros, et Batman s’efforce de devenir celui-ci.
Lorsqu’un meurtrier mystérieux commence à éliminer les figures influentes de la ville à travers des machinations cruelles, Batman se lance dans une enquête complexe, en suivant des indices laissés par le criminel. Au fur et à mesure de ses investigations, il croise des personnages bien connus de l’univers de Gotham : Selina Kyle (Catwoman), Oswald Cobblepot (le Pingouin), Carmine Falcone, et Edward Nashton (le Riddler). Ces rencontres l’amènent à explorer les profondeurs de la corruption et des intrigues de la ville.
Au fur et à mesure que les mystères se dévoilent, Batman se rend compte qu’il devra tisser de nouvelles alliances, démêler les fils de complots sinistres, et affronter des vérités douloureuses sur sa ville et lui-même. La vengeance et la justice deviennent des enjeux personnels pour Bruce Wayne, qui doit se décider entre sa quête de justice et le risque de perdre son humanité dans une ville rongée par le crime.